região

Column {data-width=1000}

Distribuição temporal

Distribuição da cobertura Vacinal

Distribuição por boxplot

Distribuição Geografica

IDH + Pop + Cobertura

estado

Column {data-width=1000}

Distribuição temporal nos estados

Distribuicao violino

Distribuição por boxplot UF’s

IDH + Pop + Cobertura UF’s

---
title: "Projeto INOVA FIOCRUZ 2020"
output: 
  flexdashboard::flex_dashboard:
    orientation: columns
    vertical_layout: scroll
    theme: flatly
    social: menu
    source: embed # opcao para o código aparecer 
    storyboard: true
---


```{r setup, include=FALSE}
library(knitr)
options(max.print="75")
knitr::opts_chunk$set(echo=FALSE,
               cache=TRUE,
               prompt=FALSE,
               tidy=TRUE,
               comment=NA,
               message=FALSE,
               warning=FALSE,
               cache.lazy=FALSE)
knitr::opts_knit$set(width=75)

```

```{r}
library(flexdashboard)
library(ggplot2)
library(readxl)
library(plotly)
library(ggmap)

library(zoo)
library(questionr)
library(lubridate)
library(stringi)
library(dplyr)

library(geobr)
library(tmap)
library(sf)

library(hrbrthemes)
library(viridis)

library(ggplot2)
library(geofacet)
library(tibble)
library(readr)
library(shiny)
library(tidyverse)

# devtools::install_github('rstudio/rmarkdown@3953abd473e9230faca4dcad996d5d1b35c3b3a7')
# devtools::install_github('gagolews/stringi')
# devtools::install_github("rpradosiqueira/brazilmaps")
# https://github.com/sagarkulkarny/HR-Movement-Dashboard-using-Flexdashboard-

```


# sidebar {.sidebar}


**Análise geográfica da Cobertura Vacinal e a ocorrência
do Sarampo no Brasil, 2000-2019**

O presente estudo pretende investigar a cobertura vacinal com a ocorrência de casos de sarampo para
identificar regiões brasileiras com maior heterogeneidade na evolução temporal
e a distribuição geográfica da cobertura nacional da vacina dupla e tríplice viral.


**Coordenação:** 

- Yara Hökerberg ([yarahahr@ini.fiocruz.br]())

- Raquel  Vasconcelos ([raquel.vasconcellos@ini.fiocruz.br]())

**Equipe:**

- Lívia Moura ([lica.moura.lima@gmail.com]())

- Luan da Silva ([snoedasilva@gmail.com]())

- Sônia Regina Lambert ([sonia.lambert@ini.fiocruz.br]())

- Wagner Tassinari ([tassinari@ufrrj.br]())


# região  {data-icon="fa-signal" data-navmenu="cobertura"}

Column {data-width=1000}{.tabset}
-----------------------------------------------------------------------

```{r}
# lendo o arquivo com a cobertura or regioes
banco0 <- read.csv('bancos/cobvac_porregiao.csv',sep=';',dec=',')

regiao.map <- read_region(year=2018, showProgress = F)   # region

```


### Distribuição temporal

```{r}
g1 <- ggplot(data=banco0,mapping= aes(x=ano,y=cobertura))+
  geom_line(mapping=aes(color=regiao),size=0.9)+
  labs(x= "ano",
       y="Cobertura vacinal (%)",
       title="Distribuição temporal da cobertura Vacinal da tríplice viral, Brasil e Regiões - 2000 a 2020")+
  geom_hline(yintercept=c(95),linetype="dotted",
             color = "red", size=0.3)+
  scale_x_continuous(breaks=c(2000:2020))+
  theme_classic()+
  scale_y_continuous(breaks=c(75,100,120))+
  scale_color_discrete(name="")+
  annotate("text", x = 2000, y = 93, label = "95%")

ggplotly(g1)
```


### Distribuição da cobertura Vacinal


```{r}
g2 <- banco0 %>%
  ggplot(aes(y = cobertura, x = as.factor(ano))) + 
    geom_violin(aes(fill = as.factor(ano)),  
                 binaxis = "y",         
                 binwidth = 0.1,       
                 stackdir = "center"   
                 ) +
  geom_hline(yintercept=c(95),linetype="dotted",
             color = "red", size=0.3) +
  annotate("text", x = "2000", y = 93, label = "95%", col="red") +
    stat_summary(fun.y = median, fun.ymin = median, fun.ymax = median,
                 geom = "crossbar", width = 0.5) +
    ylab("Cobertura (%)") + xlab("Anos") +
   ggtitle("Distribuição da cobertura Vacinal da tríplice viral entre o Brasil e Regiões - 2000 a 2020") +
  theme_minimal()

ggplotly(g2)
```


### Distribuição por boxplot

```{r}
g3 <- banco0 %>%
  ggplot(aes(x=regiao, y=cobertura, fill=regiao)) +
    geom_boxplot() +
    scale_fill_viridis(discrete = TRUE, alpha=0.6) +
    geom_jitter(color="black", size=0.4, alpha=0.9) +
  geom_hline(yintercept=c(95),linetype="dotted",
             color = "red", size=0.3) +
  annotate("text", x = "Brasil", y = 93, label = "95%", col="red") +
    theme_ipsum() +
    theme(
      legend.position="none",
      plot.title = element_text(size=11)
    ) +
    ggtitle("Distribuição da cobertura Vacinal da tríplice viral entre o Brasil e Regiões - 2000 a 2020") +
    ylab("Cobertura (%)") + xlab("Regiões") 

ggplotly(g3)
```

### Distribuição Geografica

```{r}
banco1 <- subset(banco0, regiao != "Brasil")
banco2000 <- subset(banco1, ano==2000)
banco2001 <- subset(banco1, ano==2001)
banco2002 <- subset(banco1, ano==2002)
banco2003 <- subset(banco1, ano==2003)
banco2004 <- subset(banco1, ano==2004)

banco2000a2004 <- banco2000 %>%
  mutate(cobertura2000a2004 = (banco2000$cobertura + banco2001$cobertura + banco2002$cobertura + banco2003$cobertura +        banco2004$cobertura)/5,
         Ano = "2000 a 2004",
         code_region = case_when(
           regiao == "Norte" ~ 1,
           regiao == "Nordeste" ~ 2,
           regiao == "Sudeste" ~ 3,
           regiao == "Sul" ~ 4,
           regiao == "Centro oeste" ~ 5,),
         code_region = as.factor(code_region))

banco2005 <- subset(banco1, ano==2005)
banco2006 <- subset(banco1, ano==2006)
banco2007 <- subset(banco1, ano==2007)
banco2008 <- subset(banco1, ano==2008)
banco2009 <- subset(banco1, ano==2009)

banco2005a2009 <- banco2000 %>%
  mutate(cobertura2005a2009 = (banco2005$cobertura + banco2006$cobertura + banco2007$cobertura + banco2008$cobertura +        banco2009$cobertura)/5,
         Ano = "2005 a 2009",
         code_region = case_when(
           regiao == "Norte" ~ 1,
           regiao == "Nordeste" ~ 2,
           regiao == "Sudeste" ~ 3,
           regiao == "Sul" ~ 4,
           regiao == "Centro oeste" ~ 5,),
         code_region = as.factor(code_region))

banco2010 <- subset(banco1, ano==2010)
banco2011 <- subset(banco1, ano==2011)
banco2012 <- subset(banco1, ano==2012)
banco2013 <- subset(banco1, ano==2013)
banco2014 <- subset(banco1, ano==2014)

banco2010a2014 <- banco2000 %>%
  mutate(cobertura2010a2014 = (banco2010$cobertura + banco2011$cobertura + banco2012$cobertura + banco2013$cobertura +        banco2014$cobertura)/5,
         Ano = "2010 a 2014",
         code_region = case_when(
           regiao == "Norte" ~ 1,
           regiao == "Nordeste" ~ 2,
           regiao == "Sudeste" ~ 3,
           regiao == "Sul" ~ 4,
           regiao == "Centro oeste" ~ 5,),
         code_region = as.factor(code_region))

banco2015 <- subset(banco1, ano==2015)
banco2016 <- subset(banco1, ano==2016)
banco2017 <- subset(banco1, ano==2016)
banco2018 <- subset(banco1, ano==2018)
banco2019 <- subset(banco1, ano==2019)
banco2020 <- subset(banco1, ano==2020)

banco2015a2020 <- banco2000 %>%
  mutate(cobertura2015a2020 = (banco2015$cobertura + banco2016$cobertura + banco2017$cobertura + banco2018$cobertura +        banco2019$cobertura + banco2020$cobertura)/6,
         Ano = "2015 a 2020",
         code_region = case_when(
           regiao == "Norte" ~ 1,
           regiao == "Nordeste" ~ 2,
           regiao == "Sudeste" ~ 3,
           regiao == "Sul" ~ 4,
           regiao == "Centro oeste" ~ 5,),
         code_region = as.factor(code_region))
```


```{r}
# Baixando a malha das regioes

regiao.map$code_region <- as.factor(regiao.map$code_region)

banco2000a2020 <- cbind(banco2000a2004, banco2005a2009, banco2010a2014, banco2015a2020)
banco2000a2020 <- banco2000a2020 %>% select(cobertura2000a2004, cobertura2005a2009, cobertura2010a2014, cobertura2015a2020) %>%
  mutate(code_region = c("1","2","3","4","5"))

regiao.map2000a2020 <- merge(banco2000a2020, regiao.map, by="code_region") 

st_geometry(regiao.map2000a2020) <- st_geometry(regiao.map)

library(wesanderson)
pal <- wes_palette("Zissou1", 50, type = "continuous")

tmap_mode("view");
tm_shape(regiao.map2000a2020) +
  tm_polygons(col=c("cobertura2000a2004", "cobertura2005a2009", "cobertura2010a2014", "cobertura2015a2020"),
              breaks=c(85, 90, 95, 100, 105, 110, 115), border.col = "white", palette="Oranges",
              title.col = "name_region") +
  tm_facets(as.layers = TRUE)

# tm_shape(regiao.map2000a2020) +
#   tm_polygons(col=c("cobertura2000a2004", "cobertura2005a2009", "cobertura2010a2014", "cobertura2015a2020"), breaks=c(75, 85, 95, 110), border.col = "white", palette="Oranges") +
#     tm_facets(sync = TRUE, ncol = 2, nrow = 2) 
 

```

### IDH + Pop + Cobertura


```{r}
code_region <- c(1,2,3,4,5)
pop2010 <- c(15864454,	53081950,	80364410,	27386891,	12482963)
IDH <- c(0.667, 0.663, 0.766, 0.754, 0.757)
pop.idh2010 <- data_frame(code_region, pop2010, IDH)

pop.idh2010 <- merge(banco2015a2020, pop.idh2010, by="code_region") 

g5 <- ggplot(pop.idh2010, aes(x=IDH, y=cobertura2015a2020, size=pop2010, fill=regiao)) +
    geom_point(alpha=0.7, shape=21,  color="black") +
    scale_size(range = c(3, 12), name="População 2010") +
    scale_fill_viridis(discrete=TRUE, guide=FALSE, option="A") +
    theme_ipsum() +
  #  theme(legend.position="bottom") +
    ylab("Cobertura Vacinal 2015 a 2020 (%)") +
    xlab("IDH") 
  # theme(legend.position="none")

ggplotly(g5)
```



# estado  {data-icon="fa-chart-line" data-navmenu="cobertura"}

Column {data-width=1000}{.tabset}
-----------------------------------------------------------------------


### Distribuição temporal nos estados
  
```{r}

bancot00 <- read.csv('~/ownCloud/Projetos 2020/Inova FIOCRUZ/INOVA Sarampo 2020/bancos/banco de dados - luan/dashboard/luane/bancos/bancobr.csv',sep=';',dec=',')


```

```{r}
br_grid1 <- tribble(
  ~row, ~col, ~code, ~name,
  1, 2, "RR", "Roraima",
  1, 3, "AP", "Amapa",
  2, 2, "AM", "Amazonas",
  2, 3, "PA", "Para",
  2, 4, "MA", "Maranhao",
  2, 5, "CE", "Ceara",
  3, 1, "AC", "Acre",
  3, 3, "TO", "Tocantins",
  3, 4, "PI", "Piaui",
  3, 5, "PB", "Paraiba",
  3, 6, "RN", "Rio Grande do Norte",
  3, 2, "RO", "Rondonia",
  4, 2, "MT", "Mato Grosso",
  4, 5, "PE", "Pernambuco",
  4, 6, "AL", "Alagoas",
  4, 3, "GO", "Goias",
  5, 3, "DF", "Distrito Federal",
  5, 4, "MG", "Minas Gerais",
  4, 4, "BA", "Bahia",
  5, 5, "SE", "Sergipe",
  5, 2, "MS", "Mato Grosso do Sul",
  6, 5, "ES", "Espirito Santo",
  7, 3, "PR", "Parana",
  6, 3, "SP", "Sao Paulo",
  6, 4, "RJ", "Rio de Janeiro",
  7, 4, "SC", "Santa Catarina",
  8, 3, "RS", "Rio Grande do Sul"
)

p3<-ggplot(bancot00, aes(ano,cobertura)) +
  geom_line() +
  facet_geo(~ state, grid =br_grid1) +
  labs(title = "Cobertura vacinal dos estados Brasileiros 2000 a 2020",
       x = "Ano",
       y = "Cobertura (%)") +
  theme(strip.text.x = element_text(size = 6))+
  scale_x_continuous(breaks=c(2000,2010,2020))+
  scale_y_continuous(breaks=c(50,95))


p3


```

```{r}
banco1 <- subset(banco0, regiao != "Brasil")
banco2000 <- subset(banco1, ano==2000)
banco2001 <- subset(banco1, ano==2001)
banco2002 <- subset(banco1, ano==2002)
banco2003 <- subset(banco1, ano==2003)
banco2004 <- subset(banco1, ano==2004)

banco2000a2004 <- banco2000 %>%
  mutate(cobertura2000a2004 = (banco2000$cobertura + banco2001$cobertura + banco2002$cobertura + banco2003$cobertura +        banco2004$cobertura)/5,
         Ano = "2000 a 2004",
         code_region = case_when(
           regiao == "Norte" ~ 1,
           regiao == "Nordeste" ~ 2,
           regiao == "Sudeste" ~ 3,
           regiao == "Sul" ~ 4,
           regiao == "Centro oeste" ~ 5,),
         code_region = as.factor(code_region))

banco2005 <- subset(banco1, ano==2005)
banco2006 <- subset(banco1, ano==2006)
banco2007 <- subset(banco1, ano==2007)
banco2008 <- subset(banco1, ano==2008)
banco2009 <- subset(banco1, ano==2009)

banco2005a2009 <- banco2000 %>%
  mutate(cobertura2005a2009 = (banco2005$cobertura + banco2006$cobertura + banco2007$cobertura + banco2008$cobertura +        banco2009$cobertura)/5,
         Ano = "2005 a 2009",
         code_region = case_when(
           regiao == "Norte" ~ 1,
           regiao == "Nordeste" ~ 2,
           regiao == "Sudeste" ~ 3,
           regiao == "Sul" ~ 4,
           regiao == "Centro oeste" ~ 5,),
         code_region = as.factor(code_region))

banco2010 <- subset(banco1, ano==2010)
banco2011 <- subset(banco1, ano==2011)
banco2012 <- subset(banco1, ano==2012)
banco2013 <- subset(banco1, ano==2013)
banco2014 <- subset(banco1, ano==2014)

banco2010a2014 <- banco2000 %>%
  mutate(cobertura2010a2014 = (banco2010$cobertura + banco2011$cobertura + banco2012$cobertura + banco2013$cobertura +        banco2014$cobertura)/5,
         Ano = "2010 a 2014",
         code_region = case_when(
           regiao == "Norte" ~ 1,
           regiao == "Nordeste" ~ 2,
           regiao == "Sudeste" ~ 3,
           regiao == "Sul" ~ 4,
           regiao == "Centro oeste" ~ 5,),
         code_region = as.factor(code_region))

banco2015 <- subset(banco1, ano==2015)
banco2016 <- subset(banco1, ano==2016)
banco2017 <- subset(banco1, ano==2016)
banco2018 <- subset(banco1, ano==2018)
banco2019 <- subset(banco1, ano==2019)
banco2020 <- subset(banco1, ano==2020)

banco2015a2020 <- banco2000 %>%
  mutate(cobertura2015a2020 = (banco2015$cobertura + banco2016$cobertura + banco2017$cobertura + banco2018$cobertura +        banco2019$cobertura + banco2020$cobertura)/6,
         Ano = "2015 a 2020",
         code_region = case_when(
           regiao == "Norte" ~ 1,
           regiao == "Nordeste" ~ 2,
           regiao == "Sudeste" ~ 3,
           regiao == "Sul" ~ 4,
           regiao == "Centro oeste" ~ 5,),
         code_region = as.factor(code_region))
```


### Distribuicao violino

```{r}

bancot0 <- read.csv('~/ownCloud/Projetos 2020/Inova FIOCRUZ/INOVA Sarampo 2020/bancos/banco de dados - luan/dashboard/luane/bancos/banco.csv',sep=';',dec=',')


p1<-ggplot(bancot0) +
  aes(x = uf, y = cobertura, fill = uf) +
  geom_violin(adjust = 1L, scale = "area") +
  scale_fill_hue(direction = 1) +
  theme_minimal()+
  stat_summary(fun.y = median, fun.ymin = median, fun.ymax = median,
               geom = "crossbar", width = 0.5) +
  ylab("Cobertura (%)") + xlab("Estados") +
  ggtitle("Distribuição da cobertura Vacinal da tríplice viral entre o Brasil e Unidades da federação - 2000 a 2020")

ggplotly(p1)
```


### Distribuição  por boxplot UF's

```{r}
p2 <- bancot0 %>%
  ggplot(aes(x=uf, y=cobertura, fill=uf)) +
  geom_boxplot() +
  scale_fill_viridis(discrete = TRUE, alpha=0.6) +
  geom_jitter(color="black", size=0.4, alpha=0.9) +
  geom_hline(yintercept=c(95),linetype="dotted",
             color = "red", size=0.3) +
  annotate("text", x = "AL", y = 93, label = "95%", col="red") +
  theme_ipsum() +
  theme(
    legend.position="none",
    plot.title = element_text(size=11)
  ) +
  ggtitle("Distribuição da cobertura Vacinal da tríplice viral entre o Brasil e UF's - 2000 a 2020") +
  ylab("Cobertura (%)") + xlab("Estados") 

ggplotly(p2)

```


### IDH + Pop + Cobertura UF's

```{r}
bancot1 <- subset(bancot0, uf != " Brasil")
banco20001 <- subset(bancot1, ano==2000)

banco20151 <- subset(bancot1, ano==2015)
banco20161 <- subset(bancot1, ano==2016)
banco20171 <- subset(bancot1, ano==2016)
banco20181 <- subset(bancot1, ano==2018)
banco20191 <- subset(bancot1, ano==2019)
banco20201 <- subset(bancot1, ano==2020)

banco2015aa2020 <- banco20001 %>%
  mutate(cobertura2015aa2020 = (banco20151$cobertura + banco20161$cobertura + banco20171$cobertura + banco20181$cobertura +        banco20191$cobertura + banco20201$cobertura)/6,
         Ano = "2015 a 2020",
         code_state = case_when(
           uf == "RO" ~ 11,
           uf == "AC" ~ 12,
           uf == "AM" ~ 13,
           uf == "RR" ~ 14,
           uf == "PA" ~ 15,
           uf == "AP"~16,
           uf == "TO"~17,
           uf== "MA"~21,
           uf== "PI"~22,
           uf== "CE"~23,
           uf== "RN"~24,
           uf== "PB"~25, 
           uf== "PE"~26,
           uf== "AL"~27,
           uf== "SE"~28,
           uf== "BA"~29,
           uf== "MG"~31,
           uf== "ES"~32,
           uf== "RJ"~33,
           uf== "SP"~34,
           uf== "PR"~41,
           uf== "SC"~42,
           uf== "RS"~43,
           uf== "MS"~50,
           uf== "MT"~51,
           uf=="GO"~52,
           uf== "DF"~53,),
         code_state = as.factor(code_state))

```

```{r}
code_state <-c(11,12,13,14,15,16,17,21,22,23,24,25,26,27,28,29,31,32,33,34,41,42,43,50,51,52,53)
pop20101 <- c(1562409,733559,3483985,450479,7581051,669526,1383445,6574789,3118360,8452381,3168027,3766528,8796448,3120494,2068017,14016906,19597330,3514952,15989929,41262199,10444526,6248436,10693929,2449024,3035122,6003788,	2570160)
IDH1 <- c(0.690, 0.663, 0.674,0.707, 0.646, 0.708,0.699,0.639,0.646, 0.682, 0.684,0.658, 0.673, 0.631, 0.665, 0.660, 0.731, 0.740, 0.761, 0.783, 0.749, 0.774, 0.746,0.729,0.725,0.735,0.824 )
pop.idh2010 <- data_frame(code_state, pop20101, IDH1)

pop.idh2010 <- merge(banco2015aa2020, pop.idh2010, by="code_state") 

g6 <- ggplot(pop.idh2010, aes(x=IDH1, y=cobertura2015aa2020, size=pop20101, fill=uf)) +
  geom_point(alpha=0.7, shape=21,  color="black") +
  scale_size(range = c(3, 12), name="População 2010") +
  scale_fill_viridis(discrete=TRUE, guide=FALSE, option="A") +
  theme_ipsum() +
  #  theme(legend.position="bottom") +
  ylab("Cobertura Vacinal 2015 a 2020 (%)") +
  xlab("IDH") 
# theme(legend.position="none")

ggplotly(g6)
```